Genomik ve Moleküler Analizler

Giriş 

Genomik ve moleküler analizler; hasta güvenliği, hasta seçimi ve stratifikasyon, tedavi yanıtının izlenmesi ve translasyonel araştırma hedefleri açısından klinik araştırmalarda kritik bir rol oynar. HelixLab ve Omega Genetik altyapısı; protokole uygun numune yönetimi, standardize analitik iş akışları, veri bütünlüğü ve denetlenebilirlik ilkeleriyle klinik çalışmalara uyumlu çıktılar üretmeyi hedefler.

Omega ekosistemi kapsamında sunulan laboratuvar, analitik ve operasyonel hizmetler; çalışmanın niteliğine, regülasyon gerekliliklerine ve metodolojik kapsamına bağlı olarak, Omega bünyesindeki birimler veya yetkilendirilmiş ve ilgili standartlara uygun partner altyapılar aracılığıyla yürütülmektedir. Akreditasyonlar, sertifikasyonlar ve resmi yetkilendirmeler; hizmetin fiilen gerçekleştirildiği birim veya partner kuruluş düzeyinde geçerli olup, her hizmet başlığı için çalışmaya özgü olarak değerlendirilir.

Klinik araştırmalar için farmakogenomik ve biyobelirteç odaklı genomik/moleküler testlerde; tasarım, analiz, yorumlama ve veri paketleri tıbbi genetik ve biyoinformatik uzmanlığı ile desteklenir.

Regülasyon ve Kalite Uyum Çerçevesi

Genomik ve moleküler analiz operasyonları, International Council for Harmonisation (ICH) Good Clinical Practice (GCP) ilkeleri, Good Clinical Laboratory Practice (GCLP) yaklaşımı ve veri bütünlüğü ile denetime hazır olma hedefleri doğrultusunda planlanır. Veri bütünlüğü, ALCOA+ (Attributable, Legible, Contemporaneous, Original, Accurate, Complete, Consistent, Enduring, Available) prensiplerine uygun şekilde sağlanır ve geriye dönük izlenebilirliği mümkün kılan audit trail kayıtları ile desteklenir. Numune bütünlüğü, tüm süreç boyunca uçtan uca chain-of-custody yaklaşımı ile korunur. Kalite, lot, run ve platform bazlı kontrol kayıtları ve trend analizleri ile sürekli izlenirken, sapmalar yapılandırılmış süreçler ve Corrective and Preventive Action (CAPA) metodolojileri ile yönetilir. Bununla birlikte veri güvenliği, erişim kontrolü ve uzun dönem arşivleme stratejileri uygulanarak hem uyumluluk hem de veri güvenilirliği garanti altına alınır.

Omega Ekosistemi İçinde Entegrasyon

Genomik ve moleküler analiz süreçleri, merkezi laboratuvar operasyonları, biyorepozituvar altyapısı ve dijital operasyonel çözümleri entegre eden tek bir operasyonel plan altında koordine edilebilir. Bu ekosistem içinde HelixLab, numune yönetimi, pre-analitik standardizasyon, merkezi laboratuvar iş akışları ve raporlama süreçlerini destekler. Omega Genetics, medikal genetik temelli analiz ve yorumlama, doğrulayıcı testler ve Next-Generation Sequencing (NGS) validasyon yaklaşımlarını sağlar. Omega Bio, protokole bağlı olarak seçilmiş moleküler yöntemlerde standardizasyon ve metodolojik uyumu destekleyen kit bazlı analitik altyapı sunar. Omega Biorepository, uzun dönem saklama, geri çağırma ve yeniden analiz senaryoları için izlenebilir numune yönetimini sağlar. OmegaCare, protokolün izin verdiği durumlarda evde numune alma ve standartlaştırılmış paketleme ve taşıma iş akışlarını yürütür. Ayrıca Interactive Web Response System (IWRS), kit ve numune eşleşmesinin koordinasyonunu sağlar ve çalışma süreci boyunca operasyonel bildirim akışlarını yönetir.

Farmakogenomik (Pharmacogenomics, PGx) ve biyobelirteç (biomarker) odaklı genomik/moleküler testlerin seçimi; çalışmanın uç noktaları (endpoint), örnek matriksi, zaman pencereleri (visit windows) ve analitik performans hedefleri dikkate alınarak planlanır.

 

  • B hücresi (B-cell) ve T hücresi (T-cell) reseptör repertuar profilleme
  • Küçük ve büyük gen panelleri (ör. Ailesel Hiperkolesterolemi, Myeloid panel, DNA hasar onarım genleri)
  • Ekzom dizileme (Whole Exome Sequencing, WES)
  • Tüm genom dizileme (Whole Genome Sequencing, WGS)
  • Germline ve somatik mutasyon analizi
  • RNA dizileme (RNA sequencing, RNAseq) gen imzaları
  • Mikrosatellit instabilitesi (Microsatellite Instability, MSI) ve uyumsuzluk onarımı (Mismatch Repair, MMR) testleri
  • Minimal rezidüel hastalık (Minimal Residual Disease, MRD) tayini
  • İmmünoterapi araştırmaları için tümör mutasyon yükü (Tumor Mutational Burden, TMB)
  • Sıvı biyopsi: hücresiz DNA (cell-free DNA, cfDNA) analizi – Yeni Nesil Dizileme (Next-Generation Sequencing, NGS) veya dijital polimeraz zincir reaksiyonu (digital Polymerase Chain Reaction, dPCR) ile
  • Bağırsak mikrobiyomu ve metagenomik dizileme: Shotgun metagenomik ve 16S ribozomal ribonükleik asit (16S rRNA) yaklaşımları

DNA ve RNA analizleri HelixLab ve Omega Genetik iş akışları içinde aşağıdaki örnek hazırlık adımlarını kapsayabilir:

  • Deoksiribonükleik asit (Deoxyribonucleic Acid, DNA) izolasyonu: konsantrasyon, saflık ve verim tayini
  • Ribonükleik asit (Ribonucleic Acid, RNA) izolasyonu: konsantrasyon, bütünlük ve verim tayini

Hücre işlemleri HelixLab kapsamında çalışma gereksinimlerine göre aşağıdaki adımları içerebilir:

  • Periferik Kan Mononükleer Hücre (Peripheral Blood Mononuclear Cell, PBMC) hazırlığı
  • Hücre sayımı ve canlılık analizi

Eşlikçi tanı (Companion Diagnostics) ve genetik testler Omega Genetik kapsamında çalışma hedeflerine göre yapılandırılabilir:

  • Sanger sekans analizi
  • Tek gen veya tek mutasyon genotipleme
  • Parça analizi (fragment analysis)
  • Tüm hastalık tiplerinde germline mutasyon tespiti
  • Gen kopya sayısı belirleme: Çoklu ligasyon bağımlı prob amplifikasyonu (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification, MLPA)
  • Yeni Nesil Dizileme (Next-Generation Sequencing, NGS) validasyonu

Operasyonel Akış

  1. Çalışma başlangıcı: protokol, uç nokta (endpoint) ve biyobelirteç (biomarker) ihtiyaçlarının gözden geçirilmesi
  2. Test stratejisi: analit, platform, eşik değer (cut-off) ve örnek matriksine göre test panelinin netleştirilmesi
  3. Yöntem doğrulama/validasyon: çalışma-uyumlu performans hedefleri ve kalite kontrol planının tanımlanması
  4. Saha hazırlığı: numune alma kılavuzları, etiketleme, pre-analitik gereklilikler ve lojistik akışların standardizasyonu
  5. Numune kabul ve izlenebilirlik: kabul (accessioning), zincir izlenebilirlik (chain-of-custody) ve saklama koşullarının doğrulanması
  6. Analiz ve veri üretimi: planlanan testlerin yürütülmesi, ara kontroller ve sapma (deviation) yönetimi
  7. Biyoinformatik analiz: çalışma hedeflerine uygun veri işleme ve kalite kontrol adımları
  8. Veri doğrulama ve raporlama: ikinci göz kontrolü, tutarlılık kontrolleri ve protokole uygun rapor formatı/zamanlaması
  9. Sponsor/CRO entegrasyonu: elektronik veri yakalama (Electronic Data Capture, EDC) ve elektronik vaka rapor formu (electronic Case Report Form, eCRF) uyumlu veri aktarımı ve query yönetimi
  10. Arşiv ve denetim hazırlığı: dokümantasyon, iz kayıtları (audit trail) ve denetim (audit) taleplerine hazır arşivleme